云南省医学会医史专科分会于1997年12月13日在昆明成立。中国医史学会常委、中国中医研究院医史文献报研究员蔡景峰,中国中医研究院医史文献所副所长、副研究员朱建平到会表示祝贺。朱建平说:“云南省医史学分会的成立,是全国各省医史学专科分会的成立,对云南各民族医学史及云南疾病史的研究和发展将起到积极的推动作用。”
医史学分会成立到现在经历了四届委员会, 第四届委员会主任委员是昆明医科大学第二附属医院马林昆院长。
2017年9月16日进行第五届委员会换届改选, 第五届委员会主任委员是昆明医科大学第二附属医院邓丹琪副院长。